一、兩者依據(jù)的法律不同
軟件的著作權(quán)保護(hù)依據(jù)《著作權(quán)法》和《計算機(jī)軟件保護(hù)條例》；軟件的專利保護(hù)依據(jù)《專利法》，具體審查標(biāo)準(zhǔn)參見國家知識產(chǎn)權(quán)局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機(jī)程序的發(fā)明專利申請審查若干問題”。
二、兩者的保護(hù)原則不同
軟件著作權(quán)是在軟件創(chuàng)作完成后自動產(chǎn)生的，也是自愿進(jìn)行軟件著作權(quán)登記，登記的目的是體現(xiàn)公證的效力，主要用于聲明著作權(quán)權(quán)屬，同時使后續(xù)維權(quán)時的證據(jù)力度更大。
軟件專利則必須向?qū)＠痔岢錾暾埐拍塬@得保護(hù)，因此必須要積極申請，且專利制度也是以“用公開換保護(hù)”為原則。
三、兩者保護(hù)的客體不同
軟件著作權(quán)申請?zhí)峤坏馁Y料是源代碼及用戶操作手冊，所以軟件著作權(quán)保護(hù)的是表現(xiàn)形式，不保護(hù)思想。
這樣就有可能出現(xiàn)競爭對手將你的軟件進(jìn)行研究，然后改變編程語言，達(dá)到的結(jié)果是一樣的，但由于代碼不相同，所以不侵犯著作權(quán)。
軟件專利則不同，在申請時描述的是軟件的設(shè)計構(gòu)思（注意一定要以技術(shù)方案的形式表現(xiàn)，或者最好能夠結(jié)合硬件來表現(xiàn)），包含了軟件流程圖的內(nèi)容，而不是主要說明采用哪種程序語言實現(xiàn)。一旦獲權(quán)后，他人只要采用了軟件專利的設(shè)計構(gòu)思或方案，就可能構(gòu)成侵權(quán)。
四、兩者的申請通過率不同
軟件著作權(quán)實行的是登記制，一般不需要經(jīng)過實質(zhì)審查，只要形式審查時提交的材料符合要求，并且不違反《著作權(quán)法》的規(guī)定即可獲權(quán)，登記通過率極高。
軟件專利需要經(jīng)過形式審查和實際審查。
形式審查主要是審核專利材料是否符合申請要求，形式審查通過后就會公開，再進(jìn)入實質(zhì)審查，審核該專利是否符合《專利法》的要求，并且要滿足新穎性，創(chuàng)造性，實用性等諸多要求。
一般純軟件型的專利不易獲權(quán)，通過軟硬件結(jié)合的方式會提高其授權(quán)率，但總得來說通過率依然不高。
五、兩者保護(hù)期限和維護(hù)費用不同
軟件著作權(quán)根據(jù)其法律規(guī)定的相關(guān)著作權(quán)保護(hù)期為作者有生之年加死亡后50年；法人及其它組織的作品，其法律規(guī)定的相關(guān)著作權(quán)的保護(hù)期為50年。費用方面只會繳納前期的申請費，后續(xù)不會有維護(hù)的費用。
一般來說軟件專利只能申請發(fā)明專利，保護(hù)期限從申請日起算20年。并且發(fā)明專利每年都需要繳納年費，過期不繳納即視為放棄專利權(quán)。
六、兩者優(yōu)缺點不同
軟件著作權(quán)可以不用公開就受到保護(hù)，并且能夠讓創(chuàng)作者快速地獲得著作權(quán)保護(hù)，普通登記一般4個月左右授權(quán)，采用加急申請軟件著作權(quán)最快能一個工作日授權(quán)。能夠讓著作權(quán)人快速搶占市場，拿到政府相應(yīng)的資助。但是軟件的進(jìn)步相應(yīng)來說是較快的，所以在申請的過程中的有可能就錯過了軟件市場。
軟件專利必須以公開換保護(hù)，發(fā)明專利申請時間是1~2年，一般不能采取加急形式。但是專利保護(hù)的是設(shè)計構(gòu)思和方案，所以保護(hù)的力度更強(qiáng)，并且專利還可以提出一些現(xiàn)在不能實現(xiàn)的專利，等到技術(shù)發(fā)展了能夠?qū)崿F(xiàn)該專利了，再以許可的方式去獲得收益，很多大公司的專利儲備就是按照這種方式來的。
